La pépinière fut fondée en 1875 par Joseph Bory Latour-Marliac pour la propagation, la culture et la commercialisation de nénuphars rustiques. À cette époque, le seul nénuphar résistant d'Europe était un nénuphar blanc. En croisant cette variété blanche avec d'autres variétés sauvages dont l'origine était d'Amérique et d'ailleurs, Latour-Marliac fut tout de suite capable de construire une collection de nénuphars dont la palette allait d'un jaune délicat au fuchsia jusqu'au rouge intense.
En 1889, Latour-Marliac présenta sa collection à l'Exposition Universelle de Paris. Ses plantes d'un nouveau genre furent dévoilées en même temps que la Tour Eiffel. Installés dans les jardins d'eau devant le Trocadéro, les nénuphars hybrides firent sensation et obtinrent le premier prix de leur catégorie. Ils attirèrent alors l'oeil de Claude Monet. C'est cette expérience au Trocadéro qui l'inspira lorsqu'il construisit son jardin d'eau à Giverny.
Une fois que l'étang de Giverny fut terminé, Claude Monet commanda une grande quantité de nénuphars à Latour-Marliac. Ce sont ces mêmes nénuphars qui devaient devenir le sujet de ses célèbres toiles, les Nymphéas, aujourd'hui exposés au Musée de l'Orangerie de Paris. Les bons de commande de Monet figurent toujours dans les archives de la pépinière.
L'établissement, qui comprend un jardin botanique, se visite de mai à octobre.
